Nauki przyrodnicze (fizyka, chemia, nauki biologiczne i medyczne, nauka o Ziemi, astronomia), to dziedziny nauki które możemy odnaleźć w zabytkowych zbiorach Biblioteki Elbląskiej. Pod daną kategorią odnajdziemy kompendia wiedzy o glebach i gruntach, opisy powierzchni Ziemi, podział wód i lądów, przegląd występujących grzybów, atlasy i opisy występujących na Ziemi gatunków roślin, zwierząt, minerałów oraz wykazy ptaków (nazwy łacińskie i niemieckie) wraz ze szczegółowym opisem ich bytowania. Wiele z tych pozycji miało służyć dzieciom i młodzieży oraz ich rodzicom w pogłębieniu świadomości ekologicznej, znajomości gatunków rzadkich lub zagrożonych i objętych ochroną. Dzieła te obejmują XV – XX wiek i są to zarówno książki, rękopisy i notatki znanych profesorów wykładających na uniwersytetach (m. in. : Kurt Sprengel, Jakub Woit). Dumą Biblioteki są przepięknie kolorowane zielniki, m. in. : inkunabuł Herbarius wydany w Pasawie w 1485r, drukowany przez znanego drukarza Johannesa Petriego (1441-1511), zajmującego się głównie drukiem ksiąg medycznych i astronomicznych (w tym również dzieł M. Kopernika) oraz dzieło Jerzego Joachima Retyka : NARRATIO PRIMA, wydane w Gdańsku w 1540 r. – pierwsza opublikowana informacja będąca streszczeniem nowej teorii heliocentrycznej Mikołaja Kopernika.