Najstarszymi rękopisami w Bibliotece Elbląskiej są dwa średniowieczne łacińskie dokumenty z XIV w. sporządzone na pergaminie. Wiele rękopisów związanych jest z Gimnazjum Elbląskim. Są to sztuki pisane przez rektorów i nauczycieli dla potrzeb teatru szkolnego. W zbiorach znajdują się również zeszyty uczniów, niektóre zachwycają przepięknymi kolorowymi ilustracjami z motywami roślinnymi i zwierzęcymi.